20 марта 2020 года Департаменту сохранения биоразнообразия и особо охраняемых природных территорий, исполнилась юбилейная дата «80» лет со дня его образования.
В 1940 году постановлением Совета Народных Комиссаров Киргизской АССР от 20 марта за № 358 при Совета Народных Комиссаров Киргизской АССР, была образована Государственная инспекция по охотничьему хозяйству. И постановлением Совета Народных Комиссаров Киргизской АССР от 20 апреля 1942 года № 424, было утверждено Положение об охотничьем хозяйстве Киргизской ССР. Начата работа по закреплению охотничьих угодий и созданию охотничьих заказников.
В 1948 году в соответствии с постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 10 декабря 1948 года № 1205, был образован Иссык-Кульский государственный заповедник, который положил начало созданию особо охраняемых природных территорий.
В 1958 году преобразована в Инспекцию по охотничьему хозяйству и заповедникам, в этот год начали создаваться особо охраняемые природные территории в республике. Созданы Нарынский, Токмакский, Теплоключенский и Джети-Огузский государственные охотничьи заповедники. В последующие годы создан Сары-Челекский заповедник, укрепляется материально-техническая бaза Иссык-Кульского заповедника.
На протяжении многих лет в Кыргызстане менялись и уточнялись названия органов управления объектами биоразнообразия, но всегда главными задачами оставались сбережение, восстановление объектов биоразнообразия и рациональное его использование.
Вся история становления и развития лесного, охотничьего хозяйств и сети особо охраняемых природных территорий республики, подходила к неразрывной связи друг с другом.
Решением Правительства Кыргызской Республики от 16 января 2019 года № 11, создан Департамент сохранения биоразнообразия и особо охраняемых природных территорий Государственного агентства охраны окружающей среды и лесного хозяйства при Правительстве Кыргызской Республики.